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在3亿年前，根本不存在Y染色体。当时，大部分的生物有一对相同的X染色体，而性别是由许多其他因素来决定的，比如温度(海龟、鳄鱼等两栖动物，一旦达不到一定的温度要求，所有的卵就都会孵化成雌性)。随着戏剧性的生物进化，出现了Y染色体。这种染色体由哺乳动物体内的X染色体的某种基因变异而来。大卫.佩奇解释说：“这种变异产生了专横的男性性别决定基因。它不再由那么多的环境因素所控制，男性世界也因它的存在而出现。
”
通常生物体内的染色体都是成对的，每一对都是一模一样，彼此频繁地交换相应的DNA片段，这种交换改变了遗传物质，有利于物种除去有害的变异。由于变异DNA区域在基因上的扩展，X染色体与其相配对的那条染色体之间的交换越来越少。随着时间的推移，Y染色体便诞生了。这个染色体演变故事的情节可以和任何一部小说相媲美。
Y染色体只在男性体内存在。任何一个卵子与携带Y染色体的精子相遇受精，即产生男性；卵子与携带X染色体的精子相遇受精，则产生女性。这就是为什么Y染色体是男性生命信息的来源，也可以说是基因版的圣经宗谱。
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